Основными целями Ассоциации "Совет муниципальных образований Республики Башкортостан" в соответствии с п. 2.1 Устава являются:

- содействие развитию местного самоуправления в Республике Башкортостан, его экономических, правовых, организационных и территориальных основ;
- выражение и защита общих интересов муниципальных образований Республики Башкортостан;
- развитие межмуниципального сотрудничества;
- организация взаимодействия органов местного самоуправления муниципальных образований, являющихся Членами Совета между собой и с органами государственной власти, с Ассоциацией «Общероссийский конгресс муниципальных образований», другими организациями;
- организация взаимодействия муниципальных образований Республики Башкортостан с муниципальными образованиями других субъектов Российской Федерации.

Для достижения своих целей Совет решает следующие задачи (предмет деятельности Совета согласно п. 2.2 Устава):

- осуществляет сбор, изучение и анализ информации по вопросам организации и осуществления местного самоуправления;
- оказывает методическую и консультативную помощь органам местного самоуправления Республики Башкортостан в сфере решения вопросов местного значения и организации межмуниципального сотрудничества;
- оказывает юридическую помощь на безвозмездной основе органам местного самоуправления, гражданам и некоммерческим организациям, занимающимся вопросами местного самоуправления; осуществляет правовое просвещение населения, осуществляет деятельность по защите прав и свобод человека и гражданина в области местного самоуправления;
- осуществляет деятельность по консультированию в сфере местного самоуправления и муниципальной деятельности;
- осуществляет деятельность в области добровольчества (волонтёрства) на местном уровне;
- содействует подготовке и переподготовке кадров органов местного самоуправления, муниципальных служащих, депутатов и выборных должностных лиц органов местного самоуправления, в том числе в форме проведения оценки уровня их знаний законодательства Российской Федерации и Республики Башкортостан;
- взаимодействует с территориальными органами федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Башкортостан, органами местного самоуправления, юридическими и физическими лицами в интересах развития местного самоуправления;
- осуществляет мониторинг реализации программ органов государственной власти на территории Республики Башкортостан в части, затрагивающей интересы органов местного самоуправления;
- осуществляет мониторинг нормотворческой деятельности органов государственной власти Республики Башкортостан, затрагивающей интересы органов местного самоуправления;
- осуществляет подготовку и представление Главе Республики Башкортостан ежегодного доклада о положении дел в сфере организации и осуществления местного самоуправления в Республике Башкортостан;
- взаимодействует с общественными организациями (объединениями) Российской Федерации, осуществляет международные контакты и связи по вопросам местного самоуправления, сотрудничает в соответствии с законодательством Российской Федерации с международными и зарубежными организациями, в том числе с объединениями муниципальных образований иностранных государств;
- организует взаимодействие органов местного самоуправления по вопросам реализации проектов, обеспечивающих эффективное исполнение органами местного самоуправления своих полномочий;
- участвует в организации и деятельности Ассоциации «Общероссийский конгресс муниципальных образований»;
- организует и проводит конкурсы среди муниципальных образований Республики Башкортостан по различным направлениям развития местного самоуправления, культурно-массовые мероприятия;
- осуществляет в установленном порядке редакционно-издательскую деятельность, выпуск кино-, аудио-, видео- и компьютерной продукции, участвует в издании книг, статей и других публикаций по проблемам местного самоуправления; изготовляет, реализует сувенирную продукцию с символикой и (или) наименованием Совета.
- формирует единую информационную систему по муниципальным практикам и показателям деятельности муниципальных образований Республики Башкортостан.