Согласно п. 1.6 Устава Совет имеет собственную эмблему. Эмблема Ассоциации «Совет муниципальных образований Республики Башкортостан» является ее отличительным знаком.

На белом фоне изображено стилизованное соцветие курая, состоящее из семи лепестков, которое по кругу обрамлено лентой в виде буквы «С», окрашенной в цветах государственного флага Республики Башкортостан: зелёного, белого, синего цветов (снизу вверх). В нижней части трехцветный круг постепенно переходит в трехцветный лепесток. В цветовом изображении фон – белого цвета, цветок курая – золотистого цвета.

Цветок курая — символ дружбы, семь его лепестков символизируют семь родов, положивших начало единению народов, проживающих на территории Республики Башкортостан.